上海拜谱生物科技有限公司-蛋白质组学-代谢组学-单细胞测序-重组蛋白一站式提供多组学联合分析平台

拜谱生物

IJMS | 多组学联合解析二硫键异构酶对拟南芥根系生长的调控机制

发布时间：2024-07-24

血清质二硫键异构酶（PDI，EC 5.3.4.1）是一个种硫醇-二硫键空气脱色备份酶，在离子液体底物血清质中二混炼物的空气脱色和重排中起着至关关键的角色。在沉水植物中，PDI基本参予调整种子图片不断涌现和健康，可以淡化胚乳中永久保存血清的空气脱色折起来，当然也有助于花粉量的造成。可是，PDI在根部发芽中的角色以往并没有设计过。

202四年12月，西北部大学时刘亚楠技术团队在IJMS（IF=5.6）上提出了题写“Integrated Transcriptome and Proteome Analysis Reveals the Regulatory Mechanism of Root Growth by Protein Disulfide Isomerase in Arabidopsis”的探索学习综述。该探索灵活运用PDI小分子抑制剂16F16消除PDIDNA，可以理论研究探讨DNA异常对草本绿植的决定。导致体现了，16F16做好补救严重促使拟南芥植株的绿植生长。是为了进一步推动一个脚印理论研究探讨16F16做好补救的决定，小说作者选用转录组测序和TMT按量淀粉酶质组学对做好补救过的根做好了抒发谱阐述。多个学联办阐述具体分析了16F16做好补救下拟南芥幼芽植株缩减的自我调节网，最主要的涉及到苯丙烷海洋生物获得和草本绿植皮质激素预警转导途经。拜谱生物为该研究成果提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，这项研究增强了我们对PDIs在拟南芥根系生长中的重要作用的理解，并为16F16处理后根部缩短的调节机制提供了见解。

文章名称：Integrated Transcriptome and Proteome Analysis Reveals the Regulatory Mechanism of Root Growth by Protein Disulfide Isomerase in Arabidopsis（IJMS，IF=5.6，2024.3）

客户单位：西北大学

研究材料：拟南芥

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

16F16胁迫会抑制拟南芥根系生长

要想与探讨16F16清理对植株的植物的生长的不良影响，进行了植株拉伸应变的的用药量功能实验。报告证明16F16清理对拟南芥植株的植物的生长有强势减弱功能，且伴随16F16氨水浓度的多，对植株的减弱功能日益怎强。

差异表达基因（DEGs）和差异表达蛋白（DEPs）的分析及亚细胞定位

著者实现对16F16加工整理组和比组实施转录组测序出现，16F16加工整理后通用994个差异性表示人类表观遗传，中间330个人类表观遗传调涨，664个人类表观遗传调整。调整人类表观遗传的占比高远于调涨表示人类表观遗传的占比。因，可预测未来16F16加工整理后PDI活性酶的治理和改善引发哪些有关于蛋清的收折深受印象，因而治理和改善了有关于人类表观遗传表示的变化趋势（图1A）。为着进步骤探究拟南芥根不但缩减的分子式长效机制，实用TMT球胆固醇组学进行分析了照表组和除理组相互球胆固醇谱的转变。共鉴定结论出120个DEPs，表中53个调整球蛋白酶酶和64个调低球蛋白酶酶，发掘3个与拟南芥根茎骨骼发育关联的DEPs均调低（图1B）。

亚细胞系手机定位是直接决定淀粉酶质用途的重要的重要因素。安全使用Uniprot官方网站对DEPs的亚肿瘤癌细胞位置位置开始预计。依据预计结杲，DEPs最其主要的隶属于膜（33,40.24%）和胞质溶胶（13,15.85%）。DEPs最其主要的位置定隶属于肿瘤癌细胞某些实际进那步鼓励了之前的得知。往往，位置定隶属于膜的DEPs对16F16外理有作用，并或者干扰拟南芥幼芽的根长生长（图1C）。

图1|DEGs和DEPs的浅析已经DEPs的亚组织细胞wifi定位

(图源：Liu Y., et al., IJMS., 2024)

差异表达基因和差异表达蛋白质的通路分析

为探索拟南芥植株在16F16使用补救后的干预原则，可以在GO含有研究对DEGs和DEPs的功用特征描述使用划分。对於转录组测序，GO划分结杲现示，BP行业类别中取得含有的DEGs注脚为“对激刺的影响”、“对压差的影响”和“对检查是否的影响”，DNA数区分为344个、2315个和194个（图2A）。以上的生态学历程中下降DNA的比率很高，揭示16F16使用补救已经主要是可以在遏制与激刺影响、胁迫影响和检查是否影响对应的历程来降低了苔藓草木对胁迫的影响。KEGG径路研究揭示，DEGs在“苯丙烷生态学组成”、“苔藓草木-副猪嗜血杆菌体主动帮助”、“苔藓草木抗生素数据手机数字信号转导”、“木薯淀粉和绵白糖分解代谢”和“MAPK数据手机数字信号径路-苔藓草木”等路线中含有。除苔藓草木抗生素数据手机数字信号转导径路外，相关4种径路中下降DNA较多（图2B）。

使用蛋白质组学结果阐述显示，KEGG中显著性菌物制品制品富集的前10个是“苯丙烷类菌物制品制品分解成”、“光合使用”、“各种各样的常绿植物次生分泌物的菌物制品制品分解成”、“次生分泌物的菌物制品制品分解成”各类“分泌前提条件”（图2D）。

图2|对比表达方法方式基因组和对比表达方法方式淀粉酶质的环路探讨、

(图源：Liu Y., et al., IJMS., 2024)

蛋白质组学和转录组学联合分析

想要反映DEGs和DEPs两者之间的相应性，我们对转录组和淀粉酶质组对其开始了合力定性定性分析。共验测到16个共出DEGs，1五个DEGs表示方式发展类似，2个DEGs表示方式发展相悖。接着对其开始了KEGG海洋生物技术聚集定性定性分析，报告反映DEGs和DEPs高强度海洋生物技术聚集了苯丙烷类海洋生物技术提炼经过，第三反映苯丙烷类海洋生物技术提炼经过是作用拟南芥幼芽根茎发肓的比较重要经过（图3)。

图3|转录组和血清组的联和阐述

(图源：Liu Y., et al., IJMS., 2024)

拜谱小结

为了研究PDI对拟南芥根发育的影响，作者用16F16对拟南芥进行应激处理，通过多组学分析以及遗传学、细胞生物学和生物化学实验，发现拟南芥根系的生长和发育受16F16的抑制且呈现剂量依赖性。本研究揭示了AtPDIs在根系生长发育中的潜在功能和机制，为未来PDI在拟南芥或其他植物中的功能研究奠定了基础。这一过程中拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合分析等组学技术服务产品体系，助力发表高分文献，欢迎致电咨询！

参考文献：Liu Y, Song P, Yan M, Luo J, Wang Y, Fan F. Integrated Transcriptome and Proteome Analysis Reveals the Regulatory Mechanism of Root Growth by Protein Disulfide Isomerase in Arabidopsis. Int J Mol Sci. 2024 Mar 22;25(7):3596. doi: 10.3390/ijms25073596

返回列表

「上一篇」质谱技术的发展及其在蛋白质组学中的应用

「下一篇」Microbiome（IF=13.8）｜拜谱生物多组学技术揭示高尿酸血症引起的肠道菌群失调在肾损伤中的作用和潜在机制